По итогам 2009 г. объем перевозок на фитинговых платформах компании составил 1,24 млн. ДФЭ, что на 17,6% ниже уровня рекордного 2008 г. Доля ОАО «ТрансКонтейнер» на рынке железнодорожных контейнерных перевозок выросла в 2009 г. до 64% с 61% в 2008 г. В 2009 г. во внутреннем сообщении подвижным составом компании было перевезено 765 тыс. ДФЭ, в международном сообщении - 473 тыс. ДФЭ.

На терминалах компании в 2009 г. переработано 1,46 млн. ДФЭ, что на 23% ниже уровня прошлого года.

В 2009 году выручка ОАО «ТрансКонтейнер» по РСБУ составила 16,3 млрд. рублей, снизившись на 19,2% к уровню 2008 г. Несмотря на сложные рыночные условия, по итогам 2009 г. компания заработала чистую прибыль в размере 22,1 млн. рублей. Активы компании по состоянию на 31 декабря 2009 года составили 27,6 млрд. рублей, что на 2,5% выше суммы активов годом ранее.

В кризисный 2009 г. компания продолжала реализацию инвестиционной программы, направленной на модернизацию подвижного состава и терминальной сети. Общий объем инвестиций компании в 2009 г. составил 3 млрд. рублей.